1900年12月制定校董会章程，推林乐知（Young J. Allen）先生（万国公报创办人）为董事长、孙乐文先生（David L. Anderson）为校长。二十世纪初中国第一所民办大学东吴大学正式诞生。校园内的教学大楼林堂、孙堂及葛堂及教职学生宿舍等设施陆续兴建完成，校园规模日趋完整。学科发展包括文、理、医学、神学及法科（在上海昆山路），学校以“Unto a Full-grown Man”为校训强调学生人格的陶冶。