萧山围垦指挥部成立于1969年，是杭州市萧山区直属的行政机构，主管萧山围垦大堤防汛抢险和实施新围海涂等工作，并对围垦地区内钱塘江滩涂资源及水利自然要素的观测和分析，为上级部门综合治理钱塘江、制定围垦计划提供决策依据。
萧山围垦指挥部内设7个职能机构，即：办公室、水利建设科、水政监察科、农业科、财务科、萧山区围垦水利工程管理所、萧山区围垦指挥部东线围垦管理办公室。