秦淮区科巷菜市场的地址是南京秦淮区科巷66号，您可以乘坐以下公交线路31路、95路、5路、地铁3号线、304路、201路、65路、34路、地铁2号线、29路、202路、9路、25路、44路、3路环线等。来秦淮区科巷菜市场途径的车站有大行宫站、中山东路逸仙桥、常府街、杨公井、科巷、总统府、南京图书馆、大行宫西、大行宫、大行宫西站、新街口东站、大行宫东等。